Le Fonds mondial représente une nouvelle approche du financement international en matière de santé: c’est un partenariat entre gouvernements, société civile, secteur privé, communautés affectées et partenaires techniques. Ce partenariat forme la division du travail entre le Fonds mondial et les autres acteurs internationaux, multilatéraux, bilatéraux et nationaux et s’exprime à différents niveaux du fonctionnement du Fonds mondial: dans l’élaboration des propositions et la mise en œuvre des programmes au niveau national et dans les décisions prises par les organes directeurs du Fonds mondial en matière de financement, de fonctionnement et de politique.

Les partenariats prennent différentes formes, des relations formelles aux consultations ad hoc. Le Secrétariat joue un rôle de facilitation et de coordination, mais dans certains cas, particulièrement dans les relations entre partenaires extérieurs et instances de coordination nationale et leurs membres, le Secrétariat n’est pas impliqué de manière active. Le Fonds mondial étant essentiellement une institution de financement ne disposant pas de bureaux dans les pays, il s’appuie sur un large éventail de partenariats efficaces et effectifs à tous les niveaux afin de réaliser ses objectifs. Le Fonds mondial a bien conscience du besoin d'améliorer ses interactions avec les partenaires pour éviter la répétition d’activités et pour assurer une cohérence entre les différentes approches du développement et des interventions sanitaires.

L’environnement et les mécanismes de partenariat font l'objet d'un examen approfondi dans le cadre de l'évaluation à cinq ans du Fonds mondial. Le Fonds mondial mettra au point une stratégie de partenariat avec l’objectif de créer une approche cohérente dans ce domaine, comprenant également une définition précise des obligations et responsabilités de chacun.